ESTUDO DO DOCKING MOLECULAR DA PROTEÍNA LIGADORA DE ODOR DO BICHO-DA-SEDA
Palavras-chave:
PROTEÍNA, LIGAÇÃO DE ODOR E DOCKING MOLECULAR.Resumo
Em muitas espécies de insetos, acredita-se que as proteínas ligadoras de odores (OBPs) sejam responsáveis pelo transporte de feromônios e outros semioquímicos através da linfa sensitiva até os receptores olfativos (ORs) dentro das sensilas antenais. O presente trabalho teve como objetivo a utilização da técnica de Docking Molecular para a obtenção de energias livres de ligação entre o ligante natural e ligantes similares da proteína do BMori GOBP (Proteínas Ligadoras de Odores Gerais) ), 2WC5 (código PDB) obtida no Protein Data Bank. Os resíduos da proteína, como moléculas de água, magnésio e o ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol, foram removidos pelo software Chimera 1.10.2. À proteína ligadora de odores gerais foram adicionados hidrogênios polares e foi construído o espaço de pesquisa baseado no ligante da proteína, no qual as coordenadas do sítio de ligação foram determinadas utilizando o software AutoDock Tools. Também por meio do software AutoDock Tools foi convertido o formato do arquivo PDB para PDBQT. Com os softwares AutoDock Vina 1.1.2 e ArgusLab 4.0.1 foram realizadas simulações de re-docking, docking e cross-docking molecular do ligante hexadeca-10,12-dien-1-ol na proteína para obter o ranking das poses do ligante e a energia de afinidade de ligação. Para a realização do docking e cross-docking, a escolha dos ligantes foi feita através da semelhança da fórmula molecular estrutural no banco de dados The Pherobase. Portanto, foi possível demonstrar que, para os ligantes propostos, as energias de ligação proteína-ligante mais estáveis obtidas nos dockings, foram de ligantes que tinham estruturas cíclicas, entretanto a energia desses ligantes foram mais baixas do que o ligante original.
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