Use of microsatellite markers to evaluate the genetic diversity of local cassava landraces

Authors

DOI:

https://doi.org/10.18378/rvads.v19i1.9735

Keywords:

Manihot esculenta, SSR, Variability

Abstract

Cassava is cultivated by family farmers who preserve local landraces in their proprieties, acting as guardians of this genetic resource. The existing genetic diversity for the species can be estimated using microsatellite molecular markers. Thus, the objective was then to carry out the molecular characterization of four local varieties of cassava (Cacau Branca, Cacau Roxa, Cacau Amarela and Mandioca Pão) cultivated by family farmers in the municipality of Apiacás, Mato Grosso state, Brazil using microsatellite markers. Four local landraces of cassava were sampled, totaling 40 individuals. Leaf material was used for DNA extraction and PCR amplification. A total of 67 alleles were amplified, with SSRY126 and SSRY21 amplifying the highest and lowest number of alleles, respectively. Among the amplified alleles, 33 rare alleles (49%) were identified. The observed heterozygosity (0.840) was higher than the expected heterozygosity (0.643), reflecting negative fixation indices. Loci with PIC values above 0.5 were GA12, GA131, GA140, SSRY27, SSRY28, and SSRY126. The dendrogram formed by the UPGMA hierarchical clustering generated five genetic clusters, which were in agreement with the Bayesian analysis. Thus, genetic diversity was observed among the local landraces cultivated in the family farmers' fields in the municipality of Apiacás. The AP5 and AP20 individuals are the most genetically divergent among the analyzed group, and the Mandioca pão landrace is the most genetically distant from the other three landraces.

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Author Biographies

Eliane Cristina Moreno de Pedri, Universidade do Estado de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado, Alta Floresta

Licenciada em Ciências Biológicas pela Universidade do Estado de Mato Grosso (2009), mestre em Biodiversidade e Agroecossistemas Amazônicos pela Universidade do Estado de Mato Grosso (2018) e doutora em Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal (PPG-Bionorte), Universidade do Estado de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado (2022). Atualmente é pós-doutoranda na área de Conservação dos recursos naturais pela Universidade do Estado de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado (2023-2024).

Giovana Cuchi, Universidade do Estado de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado, Alta Floresta

Graduada em Licenciatura Plena e Bacharelado em Ciências Biológicas e Pós-graduanda no Curso de Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas da Universidade Estadual de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado (UNEMAT).

Auana Vicente Tiago, Embrapa Agrossilvipastoril, Sinop

Graduada em Licenciatura em Ciências Biológicas, pela Universidade do Estado de Mato Grosso (2013/1). Mestre em Biodiversidade e Agroecossistemas Amazônicos pela Universidade do Estado de Mato Grosso (2016/1). Doutora em Biodiversidade e Biotecnologia - Rede BIONORTE, Universidade do Estado de Mato Grosso (2020/1). Atualmente é Pesquisadora na Embrapa Agrossilvipastoril, Sinop - MT, no Programa de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Regional (PDCTR) - FAPEMAT/CNPq (2022-2025). Desenvolve pesquisa na área de conservação dos recursos genéticos, através de estudos de caracterização morfoagronômica, molecular e etnobotânica.

Ana Aparecida Bandini Rossi, Universidade do Estado de Mato Grosso, Alta Floresta

Graduada em Ciências Biológicas pela Universidade do Estado de Mato Grosso (1996), mestrado em Botânica pela Universidade Federal de Viçosa (2003) e doutorado em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa (2007). Atualmente é professora sênior da Universidade do Estado de Mato Grosso (UNEMAT). Tem experiência na área de Biologia Geral, com ênfase em Genética Vegetal, Biologia Molecular e Biologia da Conservação, atuando principalmente nos seguintes temas: Aspectos Reprodutivos e Diversidade Genética em espécies Vegetais Nativas e Cultivadas e conservação dos Recursos Naturais. Participa como orientadora dos Programas de Pós Graduação: Mestrado em Biodiversidade e Agroecossistemas Amazônicos, Genética e Melhoramento de Plantas e do Doutorado Biodiversidade e Biotecnologia da Amazônia Legal, da Rede Bionorte. Atualmente é Professora Sênior da Universidade do Estado de Mato Grosso Carlos Alberto Reyes Maldonado - UNEMAT.

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Use of microsatellite markers to evaluate the genetic diversity of local cassava landraces

Published

12-02-2024

How to Cite

PEDRI, E. C. M. de; CUCHI, G.; TIAGO, A. V.; ROSSI, A. A. B. Use of microsatellite markers to evaluate the genetic diversity of local cassava landraces. Revista Verde de Agroecologia e Desenvolvimento Sustentável, [S. l.], v. 19, n. 1, p. 23–29, 2024. DOI: 10.18378/rvads.v19i1.9735. Disponível em: https://www.gvaa.com.br/revista/index.php/RVADS/article/view/9735. Acesso em: 30 may. 2024.

Issue

Section

AGRICULTURAL SCIENCES

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